楽器によって演奏しやすい調、演奏しづらい調があり、必然的に調が偏ることはよくあります。
例えば、ギターやバイオリンなどの弦楽器の場合、フラット系の調より、シャープ系の調の方が演奏しやすいです。
ピアノなどの鍵盤楽器の場合、ロ長調や変イ長調など変位記号が多い調が弾きやすいです(個人的に)
ニ長調が使われているという曲にギターは使われているでしょうか?
もし、使われているなら、ギターが弾きやすいシャープ系の調を選んだ結果ニ長調が多くなったと思われます。
もしくは歌モノの場合、ボーカルの人の音域に合わせた結果、偶然ニ長調が多くなった可能性もあります。
なので作曲の際には、そういった楽器の特性によって調を決めたりもします。しかし、EDMなどの電子音楽の場合、そういった楽器の特性というのがないので、自由に決めていいと思います。
余談ですが僕の場合、調に色を感じます。シャープ系の調は明るい、フラット系の調は暗い。
ト長調→ニ長調→イ長調……とシャープが増えれば増えるほど明るい
ヘ長調→変ロ長調→変ホ長調……とフラットが増えれば増えるほど暗い色になっていきます。
(ハ長調は純粋な白です)
なので僕の場合、それで決めることもあります。ですが基本は自由です。(参考までに……)