教会旋法やその他スケールの使い方について(特に前者)

皆さん今晩は、いつもお世話になっております。

今回の質問なのですが、もしかしたら凄く基礎的な事で、

皆さんに質問するのも恥ずかしいのかもしれませんが・・・

いわゆる教会旋法てどう使うのですか？

この質問の仕方だと漠然としてるかもしれないので、具体的に書くと・・・

例えば、ミクソリディアンが使われているとされている恐らくDメジャーキーの曲で、

楽譜の最初に調号が#2個付いてて、D-|-D-|-C-G-|-Aというような4小節の進行で、

1小節目のDの時にナチュラルのドの音が鳴っている場合、これはDミクソリディアンが

使われている・・と思うのですが、3小節目のCの時にもナチュラルのドが鳴っていまして

その場合はどう解釈したら良いのでしょうか？Cミクソリディアンでしょうか？

というかこちらが本題なのですが、大前提としてこういう教会旋法を始めとしたスケールって

曲のキーに対して使う、例えばDメジャーキーの曲ならDミクソリディアンで、

それを転調でもしない限りは曲を通して使うのか、

(Cメジャーキーの曲でCメジャースケールを曲を通して使うみたいに)

それともコード1つ1つに対して使う、例えば上記の曲の進行なら

コードがDの時はDミクソリディアン、Cの時はCミクソリディアン～

みたいな使い方なのか、どちらなのでしょうか？

なんとなく後者のような気もするのですが・・・

かなり悩んでいて独学だとどうにも解決しないので、どなたか、ご教授お願いします。