こんにちは。私も過去に同様の不具合がありました。2~3年くらい前で、バージョンはStudio One 3の末期だったか4の初期だったか。
PCは自作のWindows機で、その当時で組み立ててから7~8年だったと思います。原因は今も不明ですが、思い返してみるとサウンドドライバが古かったせいかな?という気がします。
対応策としては私の場合、「ミックスダウンの書き出し開始位置を、ソングデータのクリップの数小節前に設定する」ことが効果的でした。
具体的には、クリップの設置を1小節目からにするのをやめて11小節目からとし、ミックスダウンのスタート位置は8とか9小節目から、という感じです。(11小節目からというのは、見えている小節番号マイナス10で実際の小節番号とできるから)
この癖はPCを更新した後も継続してます。なお、PCを買い換えたらこの不具合は起こらなくなりました。
同じ現象あった!と思ってつい書き連ねてしまいました。
参考となるかは不明ですが、ご一読いただけたなら幸いです。