MIDI情報の中でピッチをセント単位で扱うといったらそれは「ピッチベンド」の仕事で、Transposerがそこに介入することはないはずです。

それが特定のInstrumentだけで起きるのか(「一部のトラック」というのがいつも決まったやつなのか)、特定のSemitoneだけで起きるのかなど、もう少し具体的な情報があった方が原因を特定しやすいと思います🐑🐑