コードについて

> ボカロ曲などのコードは何の楽器で演奏されますか？

ピアノやギターが代表的ですがなんでもありです。
ストリングスが伴奏を担当する場合もありますしシンセだったら名前をつけられないほど音の種類があります。
その上で、バンドサウンドの曲ならハーモニーを担当してるのは歪ませたエレキギターだと思います。

> あとボカロ曲の耳コピなどでメロディはまだわかりますが、コード進行一つ一つの耳コピは不可能に近くないですか？

ベースを聞き取れればかなり絞ることができます。
またベースは単音なのでメロディの要領で聞き取れるのでおすすめです。
（低音なのでメロディより音程が取りにくいですが）
自分が耳コピするなら、最初ベースを取ってその後メジャーかマイナーかを判断し、さらにテンションがあるかないかを検討します。
でもベース音と歌だけでもけっこう聞けますよ。